MirGeneDB ID | Ami-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-365-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-193-P1a Ami-Mir-193-P1b Ami-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2a Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2a Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2a Cmi-Mir-193-P2a Cpi-Mir-193-P2a Cpo-Mir-193-P2a Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2a Dre-Mir-193-P2a Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2a Gga-Mir-193-P2a Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2a Lch-Mir-193-P2a Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2a Mdo-Mir-193-P2a Mml-Mir-193-P2a Mmu-Mir-193-P2a Mun-Mir-193-P2a Oan-Mir-193-P2a Ocu-Mir-193-P2a Pbv-Mir-193-P2a Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2a Sha-Mir-193-P2a Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2a Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2a Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2a Xbo-Mir-193-P2 Xla-Mir-193-P2a3 Xla-Mir-193-P2a4 Xtr-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711568.1: 5484164-5484224 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2a) |
Mir-193-P2a
NW_017711568.1: 5484164-5484224 [-]
UCSC
Mir-193-P1a NW_017711568.1: 5490786-5490844 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGCAUGGCUCUUUACCGCAGGGAAAAUGAGGGACUUUUGGGGGCAGUUGUGUUUCCAUUACACUAUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGCUCUUGCAGUAUUCUUCUGUGUUACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGCAUGGCUCUUUACC--| AA AC G UUUCCAU GCAGGG AAUGAGGG UUUUGGGGGCA UUGUG \ CGUUCU UUAUUCCU AAAAUCCCCGU AAUAC U GACAUUGUGUCUUCUUAUGA^ CG A- - UAUCACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ami-Mir-193-P2a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGACUUUUGGGGGCAGUUGUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Ami-Mir-193-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUA -61
Get sequence
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