| MirGeneDB ID | Ami-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Let-7-P1b Ami-Let-7-P1c Ami-Let-7-P1d Ami-Let-7-P2a1 Ami-Let-7-P2a2 Ami-Let-7-P2a3 Ami-Let-7-P2a4 Ami-Let-7-P2b1 Ami-Let-7-P2b2 Ami-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2c1 Ami-Let-7-P2c2 Ami-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b3 Cfa-Let-7-P2b3 Cgi-Let-7 Cpi-Let-7-P2b3 Cpo-Let-7-P2b3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b3a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b3 Gja-Let-7-P2b3 Gmo-Let-7-P2b3a Gmo-Let-7-P2b3b Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b3 Mal-Let-7-P2b3a Mml-Let-7-P2b3 Mmu-Let-7-P2b3 Mun-Let-7-P2b3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2b3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2b3 Tca-Let-7 Tni-Let-7-P2b3a Tni-Let-7-P2b3b Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2b3c Xla-Let-7-P2b3d Xtr-Let-7-P2b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708984.1: 7587-7664 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b3) |
Let-7-P2b3
NW_017708984.1: 7587-7664 [-]
UCSC
Let-7-P2a3 NW_017708984.1: 8044-8111 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACCUGGGUUCCUUGCUGCCAGCACUAGGGUGAGGUAGUAAGUUGUAUCGUUGGGGGGUCGGGAUUGGAGCCCCGGUGUCGAGGUAACUAUACAACUUACUACUUUCCCUGGUGCUGGCCCUUACUGCAGGGAGCAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UACCUGGGUUCCUUGCU--| U C GGGGGGUCGGGAUUGG GCCAGCACUAGGG GAGGUAGUAAGUUGUAU GUU \ CGGUCGUGGUCCC UUUCAUCAUUCAACAUA CAA A GGACGAGGGACGUCAUUCC^ - U UGGAGCUGUGGCCCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Let-7-P2b3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAAGUUGUAUCGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Let-7-P2b3_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
57- CUAUACAACUUACUACUUUCC -78
Get sequence
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