MirGeneDB ID | Ami-Let-7-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-let-7e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Let-7-P1b Ami-Let-7-P1c Ami-Let-7-P1d Ami-Let-7-P2a1 Ami-Let-7-P2a2 Ami-Let-7-P2a3 Ami-Let-7-P2b1 Ami-Let-7-P2b2 Ami-Let-7-P2b3 Ami-Let-7-P2b4 Ami-Let-7-P2c1 Ami-Let-7-P2c2 Ami-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2a4 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2a4 Cmi-Let-7-P2a4 Cpi-Let-7-P2a4 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2a4a Dre-Let-7-P2a4b Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Gga-Let-7-P2a4 Gja-Let-7-P2a4 Gmo-Let-7-P2a4a Gmo-Let-7-P2a4b Hme-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2a4 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2a4 Mal-Let-7-P2a4a Mal-Let-7-P2a4b Mun-Let-7-P2a4 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2a4 Obi-Let-7 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2a4 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2a4 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2a4 Tni-Let-7-P2a4a Tni-Let-7-P2a4b Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711201.1: 755437-755507 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2a4) |
Let-7-P2a4
NW_017711201.1: 755437-755507 [+]
UCSC
Let-7-P2b4 NW_017711201.1: 755673-755750 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUCUUGCGGCCCCACGCUGUCCUUGAGGCUGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUUGUGGAGUCCUACCCUCCCUUUGAGCUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUAAGGAGACAGUCAGGUCAUCAGCUCUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCUUGCGGCCCCACG- -| G CU GU A GUGGAGUCCUAC CUGUC CUU AGG GAG AGUAGAUUG AUAGUU C GACAG GGA UCC UUC UCAUCUAAC UAUCAA C GGUCUCGACUACUGGACU A^ A U- UG A UCGAGUUUCCCU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Let-7-P2a4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGAAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Let-7-P2a4_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
50- CUAUACAAUCUACUGUCUUUC -71
Get sequence
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