MirGeneDB ID | Aca-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-30d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-30-P1b Aca-Mir-30-P1d Aca-Mir-30-P2a Aca-Mir-30-P2b Aca-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-30-P1a Bta-Mir-30-P1a Cfa-Mir-30-P1a Cli-Mir-30-P1a Cmi-Mir-30-P1a Cpi-Mir-30-P1a Cpo-Mir-30-P1a Dno-Mir-30-P1a Dre-Mir-30-P1a Ete-Mir-30-P1a Gga-Mir-30-P1a Gja-Mir-30-P1a Gmo-Mir-30-P1a Hsa-Mir-30-P1a Lch-Mir-30-P1a Loc-Mir-30-P1a Mal-Mir-30-P1a Mdo-Mir-30-P1a Mml-Mir-30-P1a Mmu-Mir-30-P1a Mun-Mir-30-P1a Oan-Mir-30-P1a Ocu-Mir-30-P1a Pbv-Mir-30-P1a Rno-Mir-30-P1a Sha-Mir-30-P1a Spt-Mir-30-P1a Sto-Mir-30-P1a Tgu-Mir-30-P1a Tni-Mir-30-P1a Xla-Mir-30-P1a1 Xla-Mir-30-P1a2 Xtr-Mir-30-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
4: 1751122-1751178 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1a) |
Mir-30-P2a
4: 1747987-1748046 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a 4: 1751122-1751178 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCUUUCCCAGAUGCACAGUAGUCUGUUGUUGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCUGUAAAUUUCAGCUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGCCACCGGCUAUUCAUAAACAACGCUGGAAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUCUUUCCCAGAUGCAC--| U U U CCC GUAA AGUAGUC GU GU GUAAACAUC GACUGGAAGCU \ UUAUCGG CA CG CGUUUGUAG CUGACUUUCGA A AGAAGGUCGCAACAAAUAC^ C C U A-- CUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-30-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCCCGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-30-P1a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CUUUCAGUCAGAUGUUUGCUGC -57
Get sequence
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