MirGeneDB ID | Aca-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-15a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-15-P1c Aca-Mir-15-P2b Aca-Mir-15-P2c Aca-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1b Bta-Mir-15-P1b Cfa-Mir-15-P1b Cin-Mir-15-P1 Cli-Mir-15-P1b Cmi-Mir-15-P1b Cpi-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1b Dno-Mir-15-P1b Dre-Mir-15-P1b Ete-Mir-15-P1b Gga-Mir-15-P1b Gja-Mir-15-P1b Gmo-Mir-15-P1b Hsa-Mir-15-P1b Lch-Mir-15-P1b Loc-Mir-15-P1b Mal-Mir-15-P1b Mml-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1b Mun-Mir-15-P1b Oan-Mir-15-P1b Ocu-Mir-15-P1b Pbv-Mir-15-P1b Rno-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1b Spt-Mir-15-P1b Sto-Mir-15-P1b Tgu-Mir-15-P1b Tni-Mir-15-P1b Xla-Mir-15-P1b1 Xla-Mir-15-P1b2 Xtr-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
3: 13039125-13039184 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1b) |
Mir-15-P2b
3: 13038975-13039038 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1b 3: 13039125-13039184 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUCUUACGUUUUGGAAGCUUUAAAGUACUCUAGCAGCACAUCAUGAUUUGUAUGUCAUAGUAAAUAUGCAAGUCAUUAUUUGCUGCUUUAGAAUUUUAAAGAAGAGAAUCAGUUGAAAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUCUUACGUUUUGGAAG--| A CU C C UGUCAU CUUUAAAGU CU AGCAGCA AU AUGAUUUGUA A GAAAUUUUA GA UCGUCGU UA UACUGAACGU G UUAAAGUUGACUAAGAGAA^ A UU U U AUAAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-15-P1b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAUGAUUUGUA -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-15-P1b_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021793 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAAGUCAUUAUUUGCUGCUUUA -60
Get sequence
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