| MirGeneDB ID | Aca-Mir-142-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-142-P2-v2 Aca-Mir-142-P2-v3 Aca-Mir-142-P2-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-142-P2-v1 Ami-Mir-142-P2-v2 Ami-Mir-142-P2-v3 Ami-Mir-142-P2-v4 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v2 Cpi-Mir-142-P2-v3 Cpi-Mir-142-P2-v4 Dre-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v2 Dre-Mir-142-P2-v3 Gja-Mir-142-P2-v1 Gja-Mir-142-P2-v2 Gja-Mir-142-P2-v3 Gja-Mir-142-P2-v4 Gmo-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P2-v2 Gmo-Mir-142-P2-v3 Gmo-Mir-142-P2-v4 Lch-Mir-142-P2 Mal-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P2-v2 Mal-Mir-142-P2-v3 Mal-Mir-142-P2-v4 Mun-Mir-142-P2 Pbv-Mir-142-P2-v1 Pbv-Mir-142-P2-v2 Pbv-Mir-142-P2-v3 Pbv-Mir-142-P2-v4 Tni-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v2 Tni-Mir-142-P2-v3 Tni-Mir-142-P2-v4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343287.1: 1405171-1405231 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P2-v1) |
Mir-142-P2-v4
GL343287.1: 1405169-1405233 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P2-v1 GL343287.1: 1405171-1405231 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v2 GL343287.1: 1405171-1405231 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v3 GL343287.1: 1405171-1405231 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCUGUAUUUUUAAGGACAGUGGACUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGCCUGUGCCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGAGCAACGGAGGCAACACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUGUAUUUUUAAGGA--| G A UAAACGCCU CAGUG ACUCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAU UGAGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG G CACAACGGAGGCAACGAGU^ G C UGAACCCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-142-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021767 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-142-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
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