MirGeneDB ID | Aca-Mir-135-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-135-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-135-P2 Aca-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-135-P1 Bta-Mir-135-P1 Cfa-Mir-135-P1 Cli-Mir-135-P1 Cmi-Mir-135-P1 Cpi-Mir-135-P1 Cpo-Mir-135-P1 Dno-Mir-135-P1 Dre-Mir-135-P1 Ete-Mir-135-P1 Gga-Mir-135-P1 Gja-Mir-135-P1 Gmo-Mir-135-P1 Hsa-Mir-135-P1 Lch-Mir-135-P1 Loc-Mir-135-P1 Mal-Mir-135-P1 Mml-Mir-135-P1 Mmu-Mir-135-P1 Mun-Mir-135-P1 Oan-Mir-135-P1 Ocu-Mir-135-P1 Pbv-Mir-135-P1 Pma-Mir-135-o1 Rno-Mir-135-P1 Spt-Mir-135-P1 Sto-Mir-135-P1 Tgu-Mir-135-P1 Tni-Mir-135-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
2: 153285359-153285419 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-135-P1) |
Mir-135-P1
2: 153285359-153285419 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2c3 2: 153332770-153332847 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGGUGCUACCAGUAUGCCCCAUUGUCUUCUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUUAUAUCACUAAUUUCAUAUAGGGAUUGAAGCCAUGUAAUACGCUGGGGAUUUGCAACAAAGAAUGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGUGCUACCAGUAUG--| U C C UU UUAUAU CCCCA UGU UU UAUGGCUUU AUUCCUAUGUGA C GGGGU GCA AA GUACCGAAG UAGGGAUAUACU A UCGUAAGAAACAACGUUUA^ C U U U- UUAAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-135-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-135-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUAUAGGGAUUGAAGCCAUGUA -61
Get sequence
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