MirGeneDB ID | Aca-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-130a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-130-P1a Aca-Mir-130-P1c Aca-Mir-130-P2a Aca-Mir-130-P2b Aca-Mir-130-P3a Aca-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-130-P1b Cli-Mir-130-P1b Cmi-Mir-130-P1b Cpi-Mir-130-P1b Dre-Mir-130-P1b1 Gga-Mir-130-P1b Gja-Mir-130-P1b Lch-Mir-130-P1b Loc-Mir-130-P1b Mdo-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1b Oan-Mir-130-P1b Pbv-Mir-130-P1b Sha-Mir-130-P1b Spt-Mir-130-P1b Sto-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P1b Xla-Mir-130-P1b3 Xla-Mir-130-P1b4 Xtr-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343684.1: 340820-340882 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1b) |
Mir-130-P2b
GL343684.1: 336512-336573 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P1b GL343684.1: 340820-340882 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUCCAGAUGGCACGAGGUGUCUGUCCACUGCCCUUUUUAUGUUGUACUACUAGUGAACAUGCGCAAAAAGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUUGGCCAGCAAUGCUCAGUCGACUGAAAUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUCCAGAUGGCACGAGG---| U U C U A AGUGAACA UG CUG CCA UGCCCUUUU AUGUUGUACU CU \ AC GAC GGU ACGGGAAAA UGUAACGUGA GA U CCUAAAGUCAGCUGACUCGUA^ - C U U C AAAACGCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aca-Mir-130-P1b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCCUUUUUAUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Aca-Mir-130-P1b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -63
Get sequence
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