MirGeneDB ID | Aca-Let-7-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-let-7d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Let-7-P1b Aca-Let-7-P1c Aca-Let-7-P1d Aca-Let-7-P2a1 Aca-Let-7-P2a2 Aca-Let-7-P2a3 Aca-Let-7-P2a4 Aca-Let-7-P2b1 Aca-Let-7-P2b2 Aca-Let-7-P2b3 Aca-Let-7-P2b4 Aca-Let-7-P2c2 Aca-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Ami-Let-7-P2c1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2c1 Cfa-Let-7-P2c1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2c1 Cmi-Let-7-P2c1 Cpi-Let-7-P2c1 Cpo-Let-7-P2c1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2c1 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2c1 Gga-Let-7-P2c1 Gja-Let-7-P2c1 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2c1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2c1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2c1 Mdo-Let-7-P2c1 Mml-Let-7-P2c1 Mmu-Let-7-P2c1 Mun-Let-7-P2c1 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2c1 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2c1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2c1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2c1 Sha-Let-7-P2c1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2c1 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2c1 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2c1 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343225.1: 747549-747623 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2c1) |
Let-7-P2c1
GL343225.1: 747549-747623 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2b1 GL343225.1: 748300-748376 [-] UCSC Ensembl Let-7-P2a1 GL343225.1: 748901-748972 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCUACAGAAGAAAUUGUGGGCUCCUAGGAAGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUUUUAGGGCAGUGGUUUUGCCCAAAAGGAGUUAACUAUACAACCUGCUGCCUUUCUUAGGGCUUUAAUAUUACAACAAAAUAAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCUACAGAAGAAAUUGU---| U A C UUAGGGCAGUGGUU GGGC CCUAGGA GAGGUAGUAGGUUG AUAGUU U UUCG GGAUUCU UUCCGUCGUCCAAC UAUCAA U UUAAUAAAACAACAUUAUAAU^ - - A UUGAGGAAAACCCG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | This is a Group 2 in human according to Kim et al. (2017) but because there is a templated 3' U it is not possible according to read data to classify it as such in other taxa although the secondary structure is consistent with this categorization. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Let-7-P2c1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUU -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Let-7-P2c1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
54- CUAUACAACCUGCUGCCUUUC -75
Get sequence
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