MirGeneDB ID | Aae-Mir-279-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aae-mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aae-Mir-279-o26 Aae-Mir-279-P2a Aae-Mir-279-P2b1 Aae-Mir-279-P2b2 Aae-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Dan-Mir-279-P1 Dma-Mir-279-o1 Dme-Mir-279-P1 Dmo-Mir-279-P1 Dpu-Mir-279-o1 Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.437: 572258-572322 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P1) |
Mir-279-P3
supercont1.437: 567506-567574 [-]
Ensembl
Mir-279-P1 supercont1.437: 572258-572322 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCCGAGUACCAAACAUCCCAACGGUUGUCGAUGGGUGUGAAUCUAGUGUUUCACAUGAUUUUCGAUAGCCUGUGACUAGAUCCACACUCAUUAACAAAAGUUGCCGGAAAGCAUCCACUUCCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCCGAGUACCAAACAUCC--| GG CG A GUUUCACAUGAUU CAAC UUGU AUGGGUGUG AUCUAGU \ GUUG AACA UACUCACAC UAGAUCA U UACCUUCACCUACGAAAGGCC^ AA AU C GUGUCCGAUAGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aae-Mir-279-P1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUGGGUGUGAAUCUAGUGUUU -22
Get sequence
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Mature sequence | Aae-Mir-279-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0014288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UGACUAGAUCCACACUCAUUAA -65
Get sequence
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